القباب في الصحن هناك ثلاث قباب في الصحن : الأولى : القبة الغربية ، وتسمى قبة المال أو قبة الخزنة ، وهي أكبرها ، وكان فيها مصاحف بالخط الكوفي ، ثم نقلت إلى إسطنبول . وقيل إنها كانت مخزنا لمال الجامع وهداياه الثمينة . الثانية : القبة الشرقية ، وتعرف بقبة زين العابدين عليه السّلام ، ويقال إنها بنيت في زمن المستنصر العبيدي سنة 450 ه ، وكتب عليها اسمه وأسماء الأئمة الاثني عشر عليه السّلام . ثم سميت قبة الساعات ، إذ كانت فيها ساعات المسجد . الثالثة : القبة المضروبة على بركة الماء وسط الصحن ، وهي قبة صغيرة مثمنة في وسطها أنبوبة نحاس تمجّ الماء ، بنيت لوضوء المصلّين سنة 369 ه . وقد أزيلت من فترة ، ثم أعيد إنشاؤها كالسابق . قاعات المسجد ومشاهده توجد في الجهات الأربع من الجامع أربع قاعات كبيرة مستطيلة ، موزعة على جانبي البابين الشرقي والغربي ، سمّيت بالمشاهد ، ونسبت إلى الخلفاء الراشدين الأربعة . الأولى إلى يسار الداخل من باب البريد ، وتدعى مشهد عثمان ، وهي قاعة الاستقبال اليوم . والثانية إلى يمين الداخل من هذا الباب ، وتدعى مشهد عمر . والثالثة إلى يسار الداخل من باب جيرون ، وتدعى مشهد أبي بكر . والرابعة إلى يمين الداخل من هذا الباب ، وتدعى مشهد الإمام علي ابن أبي طالب عليه السّلام ، ويتصل بها مشهد الإمام زين العابدين عليه السّلام ، ومشهد رأس الحسين عليه السّلام . والمشهدان الأخيران هما جزء من قصر يزيد . وستجد وصفا مفصلا للمشاهد الثلاثة الأخيرة فيما بعد .